学校坚定不移地推动内部治理体系和治理能力现代化建设，逐步构建充满活力、富有效率、更加开放的体制机制，形成相互支撑、彼此呼应、协同推进的发展合力，全面激活学校高质量发展的一池春水。
以大学章程牵引学校制度体系建设。为推进中国特色现代大学制度建设，促使学校各项事业管理实现科学化、民主化与法制化，发展规划与学科建设处于2012年组织完成《南京农业大学章程（试行）》修订工作，随后又分别于2014年、2022年完成大学章程的两轮修订工作。同时，根据章程进一步修改和完善校内各项规章制度，确保学校各项事业发展的合法、合理与规范。2017年，学校制定并出台了《南京农业大学规章制度管理办法》（校发〔2017〕491号），发展规划与学科建设处在全校范围内全面开展规章制度清理工作，通过对各种制度、规章的废改立释，推动学校制度体系更趋完善。
以“大职能”理念带动行政管理机构改革。2011年，学校探索“大部制”管理改革思路，成立发展规划与学科建设处，统筹学校发展的顶层设计。2019年，发展规划与学科建设处在全面梳理学校党政管理机构职责及岗位职责的基础上，以“事”为核心，坚持一类事项归口一个部门由一套人员负责，重新设置机构、调配职能，提高了职能部门的运行效率和管理效能。在此基础上，学校成立南京农业大学机构编制委员会，以“因事设岗、职责明确、任务饱满”为设岗原则，科学定岗定编定责，建立了一支精干高效、结构合理、充满活力的管理干部队伍，激发了行政管理服务活力。
以学术治理体系建设保障教授治学有效实施。我校较早建立了教授治学的学术委员会制度，为了保障学术权力真正得到落实，2012 年，学校将以往分设的学术委员会、学位委员会、本科教学指导委员会和职称评定委员会统一到“南京农业大学学术委员会”，下设职称评定和学术人员招聘委员会、学位委员会、教学指导委员会和学术规范委员会。改革职称评定和学术人员招聘委员会的运行方式，实行“常委+委员”制或“常委+专家”制，真正做到由教授决定学术人员的选聘。2014年，成立第七届学术委员会，重构了学术权力、学术委员的组成结构，实现了学术权力的单列运行。2018年，成立第八届学术委员会，按照《章程》和改革精神调整了学术委员组成，实现了学术委员会“无缝”换届、持续改革的成熟态势。在这个过程中，五大学部诞生，作为校、院的中间层行使学术权力，适应了多学院模式下的学术治理。四个专门委员会和各学院分委员会结构的重整，形成了学术委员会对全校学术治理的全覆盖，对学校学术事务进行了更为科学、全面的划分，推动了学术权力有效发挥。
在运行机制上，学术委员会也进行了长足的改革探索。修订了《南京农业大学学术委员会章程》，制定《南京农业大学学术委员会议事规则（试行）》，重新界定了学术委员会的定位、职能、宗旨和议事程序；设立“南京农业大学学术委员会”文件序列，成为校内党委、行政以外的第三个校级文件序列；设置秘书长、秘书，按照“秘书-秘书长-主任委员”流程处理日常事务，与行政工作相对分离。职责权限上，理顺了学术权力与行政权力关系，明晰了学术委员会与学校其他委员会的工作边界，保障了学术委员会作为校内最高学术机构行使学术权力。
以“放管服”改革探索学院“关键中场”能力建设。发展规划与学科建设处积极探索与推动“学校宏观管理、学院自主运行”的校院两级管理体制改革。2020年，该处围绕激发师生和学院活力两个方面，提出以“十四五”规划为切入点、以人事制度改革为重点、以分配制度改革为关键点、以学院管理体制改革为落脚点的改革思路，从放权、明责、评价三个层面明晰学校的改革路径，撰写形成相关报告供学校决策参考。同时，完成工学院（新）、人工智能学院、信息与工程管理学院及前沿交叉研究院设置论证工作，推动学校相关新学院的设立。2022年，根据学校“十四五”规划，推动完善并形成各学院“十四五”规划、学院“OGSM”行动方案、学院发展核心指标，鼓励学院根据自身学科特点，在学科建设、学生培养、人才引进、职称评定、科学研究、社会服务、资源分配等方面发挥更大作用。
