日前，2015年度国家科学技术奖励大会评选结果揭晓，在这项国家最高科技成果的“检验会”上，南京农业大学两项科研成果同时摘得国家科技进步二等奖。“十二五”期间以南京农业大学为第一完成单位的国家科学技术奖励数量上升至8项，其中技术发明奖3项、科技进步奖5项。通用项目获奖数量位居全国高校第20位、农林高校排名第二、江苏省高校排名第三。
在作物学领域，陈佩度教授团队将簇毛麦高抗白粉病、抗条锈病等优异基因导入栽培小麦，推动小麦育种取得突破性进展，其团队成果“小麦—簇毛麦远缘新种质创制及应用”获2012年国家技术发明二等奖；万建民院士团队经过20余年系统研究，发掘出水稻广亲和、早熟和显性矮秆基因，开发了相应分子标记和育种技术，成功培育籼粳交高产水稻新品种5个，形成的“水稻籼粳杂种优势利用相关基因挖掘与新品种培育”成果获2014年国家技术发明二等奖；曹卫星教授团队立足“互联网+农业”科技，集成建立了基于反射光谱的作物生长光谱监测与定量诊断技术体系，实现了稻麦实时精确管理，其团队成果“稻麦生长指标光谱监测与定量诊断技术”获2015年国家科技进步二等奖。
在农业资源环境领域，沈其荣教授团队在“十二五”期间两度获得国家科技奖励，其成果“克服土壤连作生物障碍的微生物有机肥及其新工艺”与“有机肥作用机制和产业化关键技术研究与推广”，分别摘得2011年国家技术发明二等奖和2015年国家科技进步二等奖，为引领我国农业废弃物资源化利用与有机肥产业发展，推进生态文明与美丽乡村建设做出了重大贡献。
在园艺学领域，张绍铃教授团队成果“梨自花结实性种质创新与应用”，为梨品种结构调整、农民增收及果树科学研究作出了重要贡献，获2011年国家科技进步二等奖。
在植物保护领域，周明国教授团队成果“重要作物病原菌抗药性机制及监测与治理关键技术”，为我国预防重大抗药性病害流行，提高植物病害绿色防控和农药创制科技水平做出了重要贡献，获2012年国家科技进步二等奖。
在食品科学与工程领域，周光宏教授团队成果“冷却肉品质控制关键技术及装备创新与应用”，为我国肉类生产消费由热鲜肉向冷却肉的升级转变提供了重要技术支撑，获2013年国家科技进步二等奖。在获得以上重大科技成果的同时，“十二五”以来南京农业大学主要科技创新指标也实现全面提升：学校科研到位经费累计26.5亿元，是“十一五”科研经费近2倍，横向经费更是“十一五”的5倍；国家自然科学基金连续3年突破亿元；入选国家“杰青”5位，占该校杰青总数的三分之一；入选“江苏社科名家”2位，在全省高校位居前列；2项科研成果分别入选“中国科学十大进展”和“中国高等学校十大科技进展”；自然出版指数NPI位居全国高校第20位。
据了解，为尽快实现建设********目标，发挥学校科研优势，提高科研管理效率、形成管理合力，学校在“十二五”之初成立了科学研究院，打通科研基地与平台建设、科研项目组织、成果与知识产权、成果转化与产学研合作等各个科技管理关键环节，形成了更加完整、顺畅的创新链管理体系，有力支撑了学校的科研创新活动。
