南京农业大学棉花研究所在四倍体棉花基因组结构变异研究方面取得重要进展。2015年5月24日，国际权威刊物《Genome Biology, 2015, 16:108》（IF=10.5）在线发表了以王森和陈杰丹博士研究生为第一作者的“Sequence-based ultra-dense genetic and physical maps reveal structural variations of allopolyploid cotton genomes”论文。这是该所继四倍体棉花基因组测序之后的又一重要进展。
该成果利用二代高通量测序技术和有效的SNP基因型分型方法，构建了四倍体棉花4,999,048SNPs位点的超高密度遗传图谱。该图谱在陆地棉和海岛棉基因组拼接过程中，起到了重要的纠错作用。另外，利用该图谱精细分析了多倍体作物进化过程中的基因组结构变异。通过对二倍体和四倍体棉花基因组结构的比较，发现了亚基因组在进化过程中的结构变异，D亚组的功能着丝粒向A亚组入侵的现象。该项成果也为开发棉花SNP芯片，为棉花分子设计育种提供了很好的应用平台。
本项目得到了国家重点基础研究发展规划（973）项目，国家科技支撑计划，中央高校基础研究基金，江苏高校优势学科建设工程资助项目的支持。
文章链接：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Sequence-based+ultra-dense+genetic+and+physical+maps+reveal+structural+variations
该成果利用二代高通量测序技术和有效的SNP基因型分型方法，构建了四倍体棉花4,999,048SNPs位点的超高密度遗传图谱。该图谱在陆地棉和海岛棉基因组拼接过程中，起到了重要的纠错作用。另外，利用该图谱精细分析了多倍体作物进化过程中的基因组结构变异。通过对二倍体和四倍体棉花基因组结构的比较，发现了亚基因组在进化过程中的结构变异，D亚组的功能着丝粒向A亚组入侵的现象。该项成果也为开发棉花SNP芯片，为棉花分子设计育种提供了很好的应用平台。
本项目得到了国家重点基础研究发展规划（973）项目，国家科技支撑计划，中央高校基础研究基金，江苏高校优势学科建设工程资助项目的支持。
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Sequence-based+ultra-dense+genetic+and+physical+maps+reveal+structural+variations