6月12日下午，中共南京农业大学第十一次代表大会代表们分成9个代表团，召开分团会议，对党委工作报告、纪委工作报告进行审议。13日上午，代表们继续审议报告，同时还对两委工作报告决议（草案）、大会选举办法（草案）进行了讨论，对两委委员候选人、选举的总监票人、监票人建议名单进行了酝酿。
代表们认为，党委工作报告全面总结了过去七年的工作，提出了今后工作的奋斗目标，是指导学校下一阶段建设发展工作的重要纲领性文件。对过去7年工作的总结全面客观，对经验和问题的分析深刻清晰；提出的“三步走”发展战略目标高瞻远瞩，令人振奋，催人奋进；今后五年的工作任务重点突出、措施有力。
讨论过程中，代表们在高度评价党委报告的同时，也对学校今后发展过程中的学科发展均衡、人才培养与科学研究的关系、人才队伍建设、校院管理机制、发展空间与条件保障等问题提出了许多建设性的意见建议。大家一致表示，要进一步解放思想，真抓实干，为学校事业的发展作出新的贡献。
代表们认为，纪委工作报告全面回顾了十次党代会以来，学校党风廉政建设和反腐败工作的做法和成效，报告全面客观，对今后工作的建议目标明确，思路清晰，举措务实。
6月12日下午5：00和6月13日上午11:00，第十一次党代会主席团在金陵研究院二楼会议室召开第二、第三次主席团会议，会议由左惟同志主持。
在第二次主席团会上，主席团听取各代表团审议情况，拟定了两委工作报告决议（草案），审议了大会选举办法（草案）、两委委员候选人以及选举会议总监票人、监票人建议名单，并提交代表团审议。
在第三次主席团会议上，主席团听取了各代表团对上述草案和建议名单的审议情况，听取了代表团对两委委员候选人建议名单的酝酿情况，决定将决议草案、选举办法草案以及总监票人、监票人建议名单提请大会通过，确定了提交大会选举的候选人名单。
代表们认为，党委工作报告全面总结了过去七年的工作，提出了今后工作的奋斗目标，是指导学校下一阶段建设发展工作的重要纲领性文件。对过去7年工作的总结全面客观，对经验和问题的分析深刻清晰；提出的“三步走”发展战略目标高瞻远瞩，令人振奋，催人奋进；今后五年的工作任务重点突出、措施有力。
讨论过程中，代表们在高度评价党委报告的同时，也对学校今后发展过程中的学科发展均衡、人才培养与科学研究的关系、人才队伍建设、校院管理机制、发展空间与条件保障等问题提出了许多建设性的意见建议。大家一致表示，要进一步解放思想，真抓实干，为学校事业的发展作出新的贡献。
代表们认为，纪委工作报告全面回顾了十次党代会以来，学校党风廉政建设和反腐败工作的做法和成效，报告全面客观，对今后工作的建议目标明确，思路清晰，举措务实。
在第二次主席团会上，主席团听取各代表团审议情况，拟定了两委工作报告决议（草案），审议了大会选举办法（草案）、两委委员候选人以及选举会议总监票人、监票人建议名单，并提交代表团审议。
在第三次主席团会议上，主席团听取了各代表团对上述草案和建议名单的审议情况，听取了代表团对两委委员候选人建议名单的酝酿情况，决定将决议草案、选举办法草案以及总监票人、监票人建议名单提请大会通过，确定了提交大会选举的候选人名单。