根据教育部司局函件（教技司[2012]338号），《南京农业大学学报》被评为“第四届中国高校精品科技期刊”。

    2012年5月，教育部科学技术司组织开展“第四届中国高校精品•优秀•特色科技期刊奖”评比（教技司[2012]117号），主要依据学术质量和编辑出版质量评比标准给参评期刊打分并排序。此次共有388种科技期刊参评，评选结果经教育部科学技术司网上公示，共评选出精品科技期刊60种，优秀科技期刊120种，特色科技期刊30种。该奖项自2006年开始评选，每2年评一次，《南京农业大学学报》连续4届荣获“中国高校精品科技期刊”奖。在全国高校近500种科技期刊中，连续4届荣获“中国高校精品科技期刊”的只有30种。

 
    另外，2012年《南京农业大学学报》还荣获教育部科技发展中心“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖（教技发中心函[2012]182号）。