2009年中国高等学校自然科学学报研究会组织开展了全国高校科技期刊优秀编辑质量奖的评比，《南京农业大学学报》（以下简称学报）荣获“2009年全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”。

    此外，2009年11月27日国家科学技术部中国科学技术信息研究所在北京召开了中国科技论文统计结果发布会。今年，中国科学技术信息研究所首次对其收录的1868种统计源期刊进行了综合评价总分排名，学报排第71名。学报在农业大学学报中排第3名，排名第1和第2的分别为《浙江大学学报（农业与生命科学版）》（影响因子0.681，总被引频次1214）和《西北农林科技大学学报（自然科学版）》（影响因子0.471，总被引频次2143，该刊为月刊）。

    根据中国科学技术信息研究所编制的《中国科技期刊引证报告（核心版）》统计结果，2009年度学报影响因子0.643，总被引频次1315，他引率0.95，基金论文比0.88。近几年学报影响因子虽有小幅波动，但基本稳定，2007年度和2008年度影响因子分别为0.641和0.693；他引率和总被引频次呈上升趋势，2007和2008年他引率分别为0.93和0.95，总被引频次分别为1110和1208。对这几年学报主要计量数据进行分析，他引率很高，客观地反映了学报刊载论文的学术质量和学术影响力，也较真实地反映了学报的影响因子。