| 序号 | 单 位 | 论文总数 | 已评审论文数 | 已评审论文占论文总数百分比 | 三星级以上论文数 | 三星级以上论文占评审总数百分比 |
| 1 | 中国协和医科大学 | 58 | 27 | 46.55% | 26 | 96.30% |
| 2 | 北京中医药大学 | 136 | 83 | 61.03% | 75 | 90.36% |
| 3 | 南京农业大学 | 178 | 83 | 46.63% | 74 | 89.16% |
| 4 | 中国科学技术大学 | 201 | 80 | 39.80% | 71 | 88.75% |
| 5 | 哈尔滨医科大学 | 47 | 31 | 65.96% | 27 | 87.10% |
| 6 | 南京大学 | 228 | 92 | 40.35% | 80 | 86.96% |
| 7 | 广州中医药大学 | 47 | 36 | 76.60% | 31 | 86.11% |
| 8 | 东华大学 | 87 | 35 | 40.23% | 30 | 85.71% |
| 9 | 浙江大学 | 418 | 170 | 40.67% | 144 | 84.71% |
| 10 | 北京大学 | 265 | 127 | 47.92% | 107 | 84.25% |
| 11 | 四川大学 | 484 | 234 | 48.35% | 195 | 83.33% |
| 11 | 山西大学 | 56 | 36 | 64.29% | 30 | 83.33% |
| 13 | 苏州大学 | 223 | 77 | 34.53% | 64 | 83.12% |
| 14 | 华中农业大学 | 153 | 87 | 56.86% | 72 | 82.76% |
| 15 | 北京工业大学 | 132 | 63 | 47.73% | 52 | 82.54% |
| 16 | 浙江理工大学 | 134 | 108 | 80.60% | 89 | 82.41% |
| 17 | 清华大学 | 352 | 157 | 44.60% | 129 | 82.17% |
| 18 | 南开大学 | 266 | 112 | 42.11% | 92 | 82.14% |
| 19 | 天津中医药大学 | 56 | 44 | 78.57% | 36 | 81.82% |
| 20 | 西安交通大学 | 369 | 159 | 43.09% | 130 | 81.76% |
| 21 | 复旦大学 | 97 | 38 | 39.18% | 31 | 81.58% |
| 22 | 北京航空航天大学 | 199 | 108 | 54.27% | 88 | 81.48% |
| 23 | 华中科技大学 | 318 | 139 | 43.71% | 113 | 81.29% |
| 24 | 西北工业大学 | 186 | 82 | 44.09% | 66 | 80.49% |
| 25 | 北京林业大学 | 97 | 50 | 51.55% | 40 | 80.00% |
| 25 | 华东理工大学 | 118 | 40 | 33.90% | 32 | 80.00% |
| 27 | 福州大学 | 54 | 33 | 61.11% | 26 | 78.79% |
| 28 | 北京科技大学 | 198 | 115 | 58.08% | 90 | 78.26% |
| 29 | 西南大学 | 103 | 59 | 57.28% | 46 | 77.97% |
| 30 | 湖南大学 | 355 | 210 | 59.15% | 162 | 77.14% |
| 31 | 天津大学 | 523 | 252 | 48.18% | 193 | 76.59% |
| 32 | 南京师范大学 | 98 | 64 | 65.31% | 49 | 76.56% |
| 33 | 中山大学 | 223 | 102 | 45.74% | 78 | 76.47% |
| 33 | 山东科技大学 | 62 | 34 | 54.84% | 26 | 76.47% |
| 35 | 西北农林科技大学 | 134 | 89 | 66.42% | 68 | 76.40% |
| 36 | 上海大学 | 91 | 55 | 60.44% | 42 | 76.36% |
| 37 | 东北大学 | 200 | 88 | 44.00% | 67 | 76.14% |
| 38 | 福建农林大学 | 76 | 46 | 60.53% | 35 | 76.09% |
| 39 | 黑龙江中医药大学 | 53 | 37 | 69.81% | 28 | 75.68% |
| 40 | 中南大学 | 682 | 307 | 45.01% | 232 | 75.57% |
| 41 | 成都理工大学 | 116 | 61 | 52.59% | 46 | 75.41% |
| 42 | 中国农业大学 | 429 | 225 | 52.45% | 169 | 75.11% |
| 43 | 山东大学 | 356 | 152 | 42.70% | 114 | 75.00% |
| 43 | 北京师范大学 | 212 | 108 | 50.94% | 81 | 75.00% |
| 45 | 南京航空航天大学 | 174 | 87 | 50.00% | 65 | 74.71% |
| 46 | 安徽大学 | 72 | 47 | 65.28% | 35 | 74.47% |
| 47 | 合肥工业大学 | 164 | 92 | 56.10% | 68 | 73.91% |
| 48 | 北京理工大学 | 204 | 88 | 43.14% | 65 | 73.86% |
| 49 | 华中师范大学 | 57 | 38 | 66.67% | 28 | 73.68% |
| 50 | 上海交通大学 | 382 | 146 | 38.22% | 107 | 73.29% |
(此表统计数为截止到2009年12月1日的前50位)
