| 序号 | 单 位 | 论文总数 | 已评审论文数 | 已评审论文占论文总数百分比 | 三星级以上论文数 | 三星级以上论文占评审总数百分比 |
| 1 | 中国协和医科大学 | 58 | 27 | 46.55% | 26 | 96.30% |
| 2 | 北京中医药大学 | 124 | 77 | 62.10% | 69 | 89.61% |
| 3 | 中国科学技术大学 | 198 | 75 | 37.88% | 67 | 89.33% |
| 4 | 南京农业大学 | 177 | 81 | 45.76% | 72 | 88.89% |
| 5 | 广州中医药大学 | 42 | 33 | 78.57% | 29 | 87.88% |
| 6 | 南京大学 | 226 | 88 | 38.94% | 77 | 87.50% |
| 7 | 哈尔滨医科大学 | 45 | 29 | 64.44% | 25 | 86.21% |
| 8 | 东华大学 | 86 | 35 | 40.70% | 30 | 85.71% |
| 9 | 北京大学 | 262 | 122 | 46.56% | 103 | 84.43% |
| 10 | 浙江大学 | 406 | 163 | 40.15% | 137 | 84.05% |
| 11 | 四川大学 | 473 | 219 | 46.30% | 184 | 84.02% |
| 12 | 南开大学 | 261 | 106 | 40.61% | 88 | 83.02% |
| 13 | 天津中医药大学 | 52 | 41 | 78.85% | 34 | 82.93% |
| 14 | 苏州大学 | 221 | 74 | 33.48% | 61 | 82.43% |
| 15 | 清华大学 | 346 | 153 | 44.22% | 126 | 82.35% |
| 15 | 浙江理工大学 | 103 | 85 | 82.52% | 70 | 82.35% |
| 15 | 山西大学 | 55 | 34 | 61.82% | 28 | 82.35% |
| 18 | 北京工业大学 | 130 | 62 | 47.69% | 51 | 82.26% |
| 19 | 华中科技大学 | 312 | 132 | 42.31% | 108 | 81.82% |
| 20 | 华中农业大学 | 147 | 82 | 55.78% | 67 | 81.71% |
| 21 | 西安交通大学 | 359 | 152 | 42.34% | 124 | 81.58% |
| 22 | 北京航空航天大学 | 189 | 101 | 53.44% | 82 | 81.19% |
| 23 | 复旦大学 | 95 | 36 | 37.89% | 29 | 80.56% |
| 24 | 西北工业大学 | 180 | 78 | 43.33% | 62 | 79.49% |
| 25 | 北京林业大学 | 94 | 48 | 51.06% | 38 | 79.17% |
| 26 | 西南大学 | 98 | 52 | 53.06% | 41 | 78.85% |
| 27 | 北京科技大学 | 196 | 112 | 57.14% | 88 | 78.57% |
| 28 | 华东理工大学 | 111 | 37 | 33.33% | 29 | 78.38% |
| 29 | 黑龙江中医药大学 | 51 | 36 | 70.59% | 28 | 77.78% |
| 30 | 湖南大学 | 343 | 196 | 57.14% | 151 | 77.04% |
| 31 | 南京师范大学 | 89 | 52 | 58.43% | 40 | 76.92% |
| 32 | 天津大学 | 518 | 247 | 47.68% | 189 | 76.52% |
| 33 | 西北农林科技大学 | 126 | 84 | 66.67% | 64 | 76.19% |
| 34 | 上海大学 | 88 | 54 | 61.36% | 41 | 75.93% |
| 35 | 南京航空航天大学 | 168 | 83 | 49.40% | 63 | 75.90% |
| 36 | 山东科技大学 | 61 | 33 | 54.10% | 25 | 75.76% |
| 37 | 福建农林大学 | 75 | 45 | 60.00% | 34 | 75.56% |
| 38 | 东北大学 | 200 | 85 | 42.50% | 64 | 75.29% |
| 39 | 中南大学 | 676 | 298 | 44.08% | 224 | 75.17% |
| 40 | 北京师范大学 | 208 | 104 | 50.00% | 78 | 75.00% |
| 40 | 中山大学 | 220 | 96 | 43.64% | 72 | 75.00% |
| 42 | 中国农业大学 | 425 | 223 | 52.47% | 167 | 74.89% |
| 43 | 安徽大学 | 70 | 47 | 67.14% | 35 | 74.47% |
| 44 | 北京理工大学 | 200 | 82 | 41.00% | 61 | 74.39% |
| 45 | 成都理工大学 | 115 | 58 | 50.43% | 43 | 74.14% |
| 46 | 山东大学 | 345 | 141 | 40.87% | 104 | 73.76% |
| 47 | 江南大学 | 195 | 152 | 77.95% | 112 | 73.68% |
| 48 | 重庆大学 | 552 | 363 | 65.76% | 266 | 73.28% |
| 49 | 西安电子科技大学 | 155 | 82 | 52.90% | 60 | 73.17% |
| 50 | 华中师范大学 | 57 | 37 | 64.91% | 27 | 72.97% |
(此表统计数为截止到2009年9月30日的前50位)

