教育部科技司（教技司[2008]118号）于2008年4月对高校科技期刊开展“第二届中国高校精品・优秀・特色科技期刊奖”评比。评委会由31人组成，主任由教育部科技司司长谢焕忠担任。评比方案是从期刊的学术质量和编校出版质量两方面对参评期刊进行评审，学术质量占80分，采用的学术指标是影响因子、总被引频次、他引率，编辑出版质量占20分。评选结果经教育部科技司审核、网上公示，2008年11月教育部科技司发文公布了评选结果（教技司[2008]305号）。此次评选出精品科技期刊76种，优秀科技期刊118种，特色科技期刊53种。《南京农业大学学报》荣获“第二届中国高校精品科技期刊奖”。
中国高等学校自然科学学报研究会还进行了“2008年高校科技期刊先进集体”的评选活动，经专家评审，共有121个编辑部获得此奖。《南京农业大学学报》编辑部荣获“2008年高校科技期刊先进集体”称号。