由挂靠我校的中国微生物学会环境微生物学专业委员会主办、江南大学承办的“第十一次全国环境微生物学学术研讨会”于2008年11月28日至12月2日在江苏省无锡市隆重召开。这次大会议云集了全国26个省市自治区和美国的400余位代表，中国科学院土壤研究所赵其国院士和华中农业大学陈焕春院士亲临本次大会。大会共收到论文及摘要240篇，编辑了《第十一次全国环境微生物学术研讨会论文摘要集》。
大会开幕式由中国微生物学会环境微生物学专业委员会主任李顺鹏教授主持。江南大学校长陈坚教授、无锡市人民政府副市长华博雅女士、中国微生物学会秘书长肖昌松先生到会致辞。江南大学环境与土木工程学院院长华源教授介绍了本次大会的筹备情况。出席开幕式的还有南京农业大学生命科学学院院长沈振国教授、江南大学生物工程学院院长堵国成教授、环境微生物专业委员会副主任闵航教授、郑天凌教授、程树培教授、刘双江研究员、崔中利教授、孙国萍研究员，专业委员会委员周宁一研究员、阮文权教授等。
会议首先进行了第二届“简浩然环境微生物学基金”优秀论文的颁奖。简浩然基金全权代表、广东省微生物研究所副所长孙国萍研究员介绍了本次简浩然环境微生物学基金优秀论文的评选情况并宣读了获奖名单，从95篇第一作者年龄在45岁以下的研究论文全文中评选出20篇优秀论文并进行了表彰。这次“简浩然环境微生物学基金” 的评选进一步激励了环境微生物学年青工作者开展创新性研究，有力地促进环境微生物学研究领域的学术交流，对推动学科发展起了积极作用。
本次大会特别邀请了中国科学院赵其国院士、中国工程院陈焕春院士、美国Yale University的Dr. Jordan Peccia、Wyoming Universtiy的金松博士、江南大学陈坚教授、南京农业大学李顺鹏教授、中国科学院刘双江研究员、上海交通大学赵立平教授、中国科技大学俞汉青教授、厦门大学郑天凌教授、同济大学周琪教授、华中科技大学余龙江教授、浙江大学闵航教授、哈尔滨工业大学任南琪教授、南京农业大学崔中利教授等35位专家做了大会报告，分别就土壤生物与土壤微生物、动物基因工程疫苗、气溶胶微生物分子检测技术、细菌硫酸盐、有机废弃物的资源化利用、环境微生物学机遇和挑战、环境微生物代谢基因组和代谢途径、微生物群落结构、微生物胞外多聚物、微生物杀藻、生物破乳、生物降解和生物产氢等研究内容做了精彩的报告。大会还分别设立了太湖污染防治与藻类生物学、环境工程理论与实践、分子生物学技术在环境工程领域的应用、废弃物资源化技术四个分组报告会议，36位专家学者进行了报告交流。
本次研讨会充分展示了我国环境微生物学取得了最新成果，一批环境微生物学基础研究与开发应用方面的高水平文章在会议得到了充分交流，尤其在微生物资源利用、污染物微生物降解与代谢、微生物多样性与群落结构、微生物研究新技术新方法、废弃物资源化利用、重金属污染生物治理、水污染治理与蓝藻控制等方面均取得了重要成果，体现了我国环境微生物科技工作者的研究水平和高度的社会责任感。本次研讨会有一大批年青的环境微生物学者到会交流，表明学会充满活力、后继有人。研讨会还组织了与会代表参观考察了江南大学新校区和惠联垃圾热电有限公司，使参观代表受益匪浅。