11月28日下午2：30，动物科技学院首届教职工代表大会开幕式暨第一次全体会议在逸夫楼2064正昌学术报告厅隆重召开。此次大会由动物科技学院党委书记张剑仲主持，大会主席团的十七名成员以及全体教职工出席了大会。校工会李建兰主席应邀到会致辞。
下午2：30，大会正式开始。首先由张剑仲书记介绍来宾，宣布大会主席团成员，宣布南京农业大学动物科技学院首届教职工代表大会正式开幕，并致开幕辞。张剑仲书记在开幕辞中说，此次大会是动物科技学院全体教职工政治生活中的一件大事，也是广大教职工行使民主权利，参与民主管理与监督的基本制度和形式，是学校管理体制的有机组成部分，也是各级党政与教职工进行民主协商、沟通信息的重要渠道。加强教代会建设，是学校党、政、群团等组织和广大教职工的共同责任。本次大会的主题是：高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，进一步发挥教代会和工会的作用，团结、动员全院教职工，积极投身到教学、科研等各项工作中去，为全面落实动物科技学院“十一五”规划、实现动物科技学院确定的建设高水平研究教学型学院的目标而共同奋斗。大会的主要任务是：听取和审议《加强学科建设，加快学院发展》主题报告；审议修改并通过《南京农业大学动物科技学院行政工作制度》；讨论修改并通过《南京农业大学动物科技学院教职工代表大会实施细则》；选举产生教代会执委会和各专门工作小组。张剑仲书记强调指出，动物科技学院的持续快速发展是全体教职工的共同愿望，需要大家的积极参与和共同努力，希望在全院教职工的共同努力下能够开创学院工作的新局面。
接着校工会李建兰主席讲话，动物科技学院首届教职工代表大会是在贯彻党的十七大会议精神和落实学校第十次党代会提出的各项任务下召开的一次十分重要的会议，她对大会的顺利召开表示热烈的祝贺，对全院教职工和离退休同志表示诚挚的问候。李主席对大会提出了三点建议：第一，深刻认识二级教代会制度建设实施的必要性和重要性；第二，提高学院民主管理、民主监督和科学决策水平，将二级教代会制度化规范化；第三，树立科学发展观，切实增强责任感、使命感，积极开创南京农业大学动物科技学院工作新局面。
会上，动物科技学院院长王恬就如何“加强学科建设，加快学院发展”作了主题报告，提出了“十一五”学院学科建设的几点思考。王院长首先从目前学院的条件和概况说起，总结了“十五”期间学院学科建设取得的成绩，近年来所取得的快速发展，并提出下一阶段的目标和任务。他重点指出学院要努力引进有实力的学术接班人，加强高层次人才队伍建设，同时创建学院级科学研究平台，加强与社会企业的合作，并且要进一步提高研究生培养质量，在建设层次结构合理、综合素质高、创新意识强的学术队伍的基础上，讨论研究创建新专业，给学院学科建设和发展提供新方向。
此后，动物科技学院工会主席、办公室主任孟繁星对《动物科技学院行政工作制度》作了修订说明。在学院党政的统一部署和组织领导下，对学院各项管理工作规章制度进行了修改和补充，完善了各项行政工作制度，强化了规范管理意识，做到了工作有序运行高效，旨在适应我校建设高水平研究型大学战略目标的需要，保障动物科技学院教学与科研工作又好又快地发展。
大会最后，张剑仲书记布置了各分会的讨论事宜。29日至30日上午大会分五组，围绕学科建设等4个大会议题进行认真讨论，并决定30日下午2：30召开动物科技学院首届教职工代表大会第二次全体会议。