2006年度中国科技论文统计结果发布会于2007年11月15日在北京召开。根据对1723种统计源期刊的统计结果，《南京农业大学学报》影响因子为0.641（总排序322），总被引频次1110（总排序265），他引率0.93，基金论文比0.94。

   《南京农业大学学报》还荣获第六届“百种中国杰出学术期刊”称号，至此，学报已5次获此殊荣。今年获此奖项的高校学报共10个，其他为：北京大学学报医学版，北京大学学报自然科学版，第四军医大学学报，清华大学学报自然科学版，同济大学学报自然科学版，武汉大学学报理学版，西安交通大学学报，西北农林科技大学学报自然科学版，中山大学学报自然科学版；江苏省2个，另一个是《天文学报》。

    另外，信息所还进行了“第一届中国百篇最具影响优秀国内学术论文”评选，姚火春、陈国强、陆承平老师发表在《南京农业大学学报》1999年第2期的“猪链球菌1998分离株病原特性鉴定”获此奖项。

    在此，衷心感谢为学报撰稿的作者，感谢为学报质量把关的学报编委和审稿专家；希望作者、读者及广大师生一如既往地对学报工作给予支持，为学报的发展献计献策。