28日上午的会议由校党委书记管恒禄主持，校长郑小波作了全面贯彻学校第十次党代会精神，加快推进研究型大学建设进程的大会主题报告。报告简要回顾与总结了学校上半年的工作，围绕会议主题阐述了学校今后发展所必须思考与解决的重大问题，并对落实党代会提出的工作任务和目标进行了深刻思考和具体部署。
校长报告用翔实的数据充分肯定了学校上半年工作。报告指出，上半年学校较好地完成了本科教学水平评估工作；顺利召开党代会，选举产生了新一届党委会，在全面总结过去五年各项工作的基础上提出了今后五年的工作任务；学校的学科内涵建设取得成效，国家重点学科申报有新突破；完成了本科人才培养方案的修订和研究生学制改革与新一轮人才培养方案的修订；5000多名学生顺利毕业离校，一次就业率超过了92%，完成6000多名新生的录取及相关后勤保障工作；学校还获得留学生国家奖学金资助资格；2篇优秀博士论文已经完成公示，1项国家科技奖正在公示中……报告认为，学校多方面工作成绩斐然，圆满完成了学校党政所提出的工作目标与任务，保持了学校全面、协调、可持续发展的良好势头。
校长报告深刻分析了学校面临的新的形势、存在问题、现有状况和事关学校建设发展的若干重大问题。报告指出，在新一轮的发展过程当中，国家对高校发展提出了两个基本方面的要求，一是要规范管理、提高质量、办出特色，二是教育部部属大学要加快研究型大学建设发展的进程。郑小波说，在过去的一段时间里，我们把更多的精力放在了规模迅速扩张所需要的基本条件建设上，并在规模扩张中完成了多科性大学框架的建构。同时，学校的发展也面临一些新的问题，在整个大学发展过程当中，如何保持我们的优势与特色，如何更好地把握人才培养质量以及学校管理的相应完善等方面都存在着新的挑战。在目前扩张已基本结束的形势下，我们应该把主要精力放在加强学校管理上面，注重内涵建设，持续提升学校的综合竞争力。郑小波要求各单位部门认真学习并深入传达《教育部关于加快研究型大学建设、增强高等学校自主创新能力的若干意见》，解放思想、振奋精神，扎扎实实地推进高水平研究型大学建设。
报告指出，面对新的发展形势，第一我们必须构建与研究型大学发展进程相适应的管理体制，实现从过去在本科教育基础上构建的管理体制向以教学与科研并重的管理体制的转变，从以单科性为主、小型的学校管理体制向多科性、综合型、中大型学校的管理体制转变。这要求我们要用科学管理和科学机制的建构来保证学校的健康可持续发展，使学术权力、行政权力、教职工代表大会在学校党委的领导下相互促进、补充与平衡，提高和规范管理水平，增强各管理部门工作的主动性和独立性；同时还要对本科生、研究生、留学生的教育管理机制进行改善，调整对教师评价与考核的标准与内容，进一步完善资源配置的决策机制和有效开放机制，并更好地建构与运行基层学术组织。第二必须建立与研究型大学发展进程相适应的人才培养质量标准。在精英教育和人才就业市场的双重压力下，我们需要更好地把握学生的培养质量，尤其是对研究生教育质量的把握。为此，郑小波要求各学院和学术分委会在这方面多花心思、勤做文章，用形
校长报告用“向上”这两个字凝练通俗地概括出学校今后若干年发展总的思路。郑小波表示，学校发展总的方向是加速研究型大学转型，提升学校的整体实力和综合竞争力；总的策略是加强内涵建设，加快学校发展，具体内容包括加强学科建设与师资队伍建设，提高人才培养质量，提升科研水平与服务社会的能力，提升管理水平；走“规模适中，特色鲜明，以提升内涵和综合竞争力为核心”的发展道路，体现“尽力而为，量力而行，求真务实，保证学校健康可持续发展”的工作方针，实现学校的“十一五”发展规划和第十次党代会所提出的工作任务与目标。
在学科与人才队伍建设方面，报告指出，学校要从紧控制新生学科的数量，将着力点放在提升学科水平和充实队伍方面；要从紧控制新增教师数量，加强编制管理；要通过增加教师国内外进修的经费投入、继续鼓励教师在职攻读高一级学位、支持鼓励青年教师独立主持项目、努力营造学术自由氛围、逐步提高教师晋升高一级专业技术职务的晋升条件、为大人才的高水平成果转化和推广提供必要的支持、稳定骨干教师队伍并形成教师进出有序的局面等一系列方式，将提升现有教师队伍的水平放在与引进高层次人才并重的地位上；同时还要对人文社会科学学科的建设发展作进一步规划，积极支持和促进相关人文学科的发展。
在人才培养方面，报告指出，质量仍是人才培养的主题，要重点考虑精英教育、教育大众化和社会需求多重要求下对学生知识能力结构的质量把握；要高度重视对学生的政治思想教育管理，完善与学校发展相适应的学生管理领导机制；要加强对学生创业与就业能力的培养和对学生职业生涯规划的指导，注重学生的心理健康；要从改革教育教学的方式和内容入手，加强对学生创新精神和创新能力的培养；要探究研究生与本科生教育良性互动的措施和机制，使其有机结合，相互受益；要进一步加强研究生教育的基础教学设施建设，探索优化研究生生源的措施，培育产生优秀博士论文的方法，完善研究生质量保障与监控体系，完成课程质量管理与评价。
在提高管理水平方面，报告指出，学校要建立有效的学术权力，发挥教授在治学中的作用，从制度上明确各委员会的功能；要建立与大学发展相适应的党政管理运行机制和基层学术组织的结构框架，明确相应职责；要依靠制度和机制来提高管理水平、规范管理；要重视各级管理人员管理理念的更新，管理技能与能力的提升；要从严治校，用制度管人。为此，郑小波要求各级领导干部和广大教职员工要加强理论学习和敬业精神，提高对大学办学规律的理解，从大学建设发展的角度全面考虑问题。各部门学院要结合学校任务和本部门学院的党政工作，制定学期党政工作要点，明确自身的发展目标、任务和主要工作。
同时，校长报告还对科研与基地平台建设、发展经费的筹措、师生员工工作学习条件的改善、校区协调发展、党代会精神的宣传、十一五规划落实情况的总结与中期评估等方面工作作了全面的部署，并提出相应的具体要求。
会上，副校长周光宏和副校长沈其荣分别针对科技创新工作、加快成果转化与服务地方经济建设工作，做了精彩的专题报告。
周光宏指出，科技创新工作应该从培养人才、知识创新、服务社会和引领未来这四个方面持之以恒，高校教师有义务协助政府用好科研经费，协助政府选择支持科研项目，也有义务服务社会，对社会存在的技术问题提出见解，获取社会和政府的认可；周光宏提出，学校应该更多地争取国家与地方资源，进行大项目、产生大成果、培养大人才，要建立一支教学科研统筹的实验队伍，加大校院两级公共平台和基地建设，完善科学管理，为人才营造更好的工作生活环境与氛围。报告中，周光宏副校长还各学科建设提出了相应的具体要求。
沈其荣的报告从科研选题、科研水平、学科水平、可持续发展以及以往经验等方面论证出产学研合作是高水平研究型大学建设的必由之路这一命题出发，详细分析了科学研究的规律，指出基础研究和应用学科本身就是密不可分相得益彰的，要实现科研链的良性循环，就必须走产学研相结合的道路。对此，沈其荣提出，要对学校的产学研工作提供系列政策保证，理清科研工作思路，并发挥现有工程研究中心的平台作用。
28日下午，大会进行了分组讨论交流，各讨论组围绕三个报告内容各抒己见、献计献策，在肯定成绩的同时也提出了很多建设性的意见和建议。29日上午，农学院丁艳锋院长、植保学院吴益东院长、动医学院李祥瑞院长、经管学院周应恒院长、工学院蹇兴东书记、组织部盛邦跃部长以及教务处胡锋处长分别根据本学院和部门工作作了交流发言。
校党委书记管恒禄对本次全委（扩大）会议进行了总结。
管恒禄指出，本次会议主题鲜明，把握时机，内容务实。会议深入贯彻了党的十次代表大会精神，全面分析、部署、推动和落实了党代会所提出的各项任务；同时，本次会议也是在党代会召开不久后，学校在新的阶段、新的时期、新的起点上，由新一届党委召开的第二次全委扩大会议；郑小波校长在会议上作的主题报告、周光宏副校长和沈其荣副校长作的专题报告，从定位到选题都作了精心准备，思路清晰，目标任务明确，会议的分组讨论积极热烈，交流发言示范性强，党委和行政新学期的工作要点都充分体现了党代会的精神。
管恒禄对会议的主题报告和专题报告，尤其是郑小波校长代表学校党委所作的主题报告给予了高度评价。管恒禄表示，校长报告是一个全面贯彻党代会精神、统一认识、明确目标任务、落实责任、调动各方面积极性的报告。报告对贯彻党代会精神作了总的动员、部署和要求，深刻、务实、清晰、互动，既有战略的高度，又基于高等教育发展的基本规律，且切合学校实际，充分反映了广大教职员工关心的热点和期望。报告对今后统一思想、凝聚力量、调整相关政策、优化配置资源、保证重点、协调关系等方面都产生重大的现实意义和长远影响。同时，管恒禄表示，两位副校长的专题报告也都在全面分析的基础上提出了具体的工作要求和努力方向，对调整学校教学、科研和服务经济社会的三大关系，处理好学校平台建设、成果转化、经济效益的关系，以及平衡学校、学院、学科甚至个人之间的关系都会起到积极的作用。
针对如何贯彻落实党代会和本次会议精神，管恒禄提出了具体、明确、务实的要求。他指出，学习宣传党代会精神和深入传达本次会议精神要立足于新形势、新目标、新要求和新起点。管恒禄说，党代会报告和校长报告都具有较强的思想性和现实性，对办学指导思想都作出了清晰的表达，是对学校多年来发展过程总的认识和经验总结，学校各单位部门均能从中找到各自的工作定位、目标和责任。因此管恒禄要求学校宣传思想领导小组尽快召开会议，从务实的角度制定出学习贯彻落实党代会精神和本次全委（扩大）会议精神的工作意见，利用报告会、座谈会等多种形式深入宣传，激发热情、鼓舞信心；各学院各单位精心组织全体会议，全面学习和传达，结合自身工作特点制定相应的目标任务，落实党代会报告和校长报告所提出的加快发展的核心思想。
管恒禄指出，要通过宣传和落实目标任务，使得全体教职员工尽快将加快研究型大学发展进程作为共同认识、精神动力和各自的工作目标。管恒禄要求各单位部门认真学习校长报告中所提到的《教育部关于加快研究型大学建设、增强高等学校自主创新能力的若干意见》，并结合本部门工作，寻找各自建设发展的方面、平台、载体和思路。在提到创新是加快发展的灵魂时，管恒禄引用了陈至立同志在第三届中外大学校长论坛开幕式上的讲话：“在办学理念上，强调创新是学校的灵魂和核心竞争力；在人才培养上，注重增强学生的创新意识和创新能力；在科学研究上，突出科技创新平台建设、科技创新团队建设以及自主创新和集成创新；在社会服务上，重视参与国家创新体系建设、区域创新体系建设和企业的技术创新活动；在学科建设上，重视学科之间的交叉和融合，包括自然科学与人文科学的交叉和融合；在学校管理上，注重教学和科学研究体制机制的创新；在校园文化建设上，倡导百花齐放、百家争鸣、支持创新、宽容失败、鼓励敢为天下先的创新文化”，管恒禄要求全校各单位和学院以及各学科都要在各自的层面上对此进行认真仔细的解读，加深对创新理念的理解。此外，管恒禄还要求各学院部门集中时间和精力组织研究、充分酝酿，把各自对党代会及本次会议目标任务的认识进行细化和分解，进一步达成共识，提出“跳一跳够得着，博一博能实现”的奋斗目标，确立专题、逐步落实、责任到人，催化形成工作方案；并在本单位和学院充分宣讲和实施，贯彻各自建设发展的目标、任务和思路，凝聚人心和力量，推动学校的跨越式发展。