根据《南京农业大学关于开展第二轮校级重点学科评选工作的通知》（校研发[2005]358号）精神，学校于11月份组织了第二轮校级重点学科评选，共有26个学科申报校级重点学科。在专家评议的基础上，经校学科建设领导小组审核确定，共有18个学科被评选为第二轮校级重点学科，它们是：科学技术哲学、人口、资源与环境经济学、金融学、产业经济学、日语语言文学、海洋生物学、生物化学与分子生物学、机械设计及理论、应用化学、发酵工程、农业机械化工程、环境科学与工程、动物遗传育种与繁殖、园林植物与观赏园艺、技术经济及管理、行政管理、教育经济与管理、情报学。
本次校级重点学科建设期限为3年。在建设期内，学校将对每个自然科学学科投入45万元，对哲学社会科学学科投入22.5万元。为确保校级重点学科建设取得实效，学校将于近期组织专家对校级重点学科建设计划进行论证。