4月15日下午，来自全校各学院和行政部门的百余名代表分为九个代表团，对郑小波校长所作的工作报告——《全面落实科学发展观，为实现我校“十一五”发展目标而努力奋斗》，《南京农业大学“十一五”发展规划》和《南京农业大学教职工代表大会暂行条例》展开了热烈而深入的讨论。
全体代表一致认为，“十五”学校发展取得的成就十分令人振奋与鼓舞，大家对学校未来五年的发展充满了信心与斗志。代表们同时也认真分析和讨论了学校发展过程中即将面临的机遇与挑战：如师资队伍建设、体制建设、人才培养、校区协调发展；如何倡导开源节流，打破资金瓶颈；如何实现多学科协调发展，建设研究型大学等。大会代表们本着建言献策，开诚布公的原则，着眼于学校工作的方方面面，畅所欲言，各抒己见，争相为学校的改革、发展、稳定出谋划策。
代表团讨论期间，党委书记管恒禄、校长郑小波等校领导深入到各代表团认真听取了代表们的意见、建议并参与了代表团的讨论。