协议指出，南京农业大学与中国农业大学在教育方面要形成学分互认、学生互换、短期访学等多种形式的合作与交流机制；在科学研究和社会服务方面，形成重大科研方向沟通协作机制；在教师资源方面，形成开放、交流、培养共享机制；在管理方面，形成校际高峰论坛和干部交流机制，通过重点农业大学之间的优质资源共享，推进农业科技创新，推进农业高校的改革与发展，形成重要的示范和带头作用，开创我国高等农业教育新局面。

    中国农大校长陈章良表示，有着兄弟般友谊的中国农业大学与南京农业大学开展全面合作，主要基于两个战略思考：一是在解决“三农”问题和全面建设小康社会的过程中，农业大学的地位和作用问题；二是农业大学的发展现状和未来发展趋势问题。他说，学校领导班子高度重视与南京农业大学的合作问题，陈章良希望，通过建立有序的竞争与合作关系，打开大学间的围墙，提高大学解决“三农”问题的能力，为加快农业教育、科技进步和促进经济社会发展作出更多的贡献。

    郑小波校长为两校开展全面合作感到十分高兴。他认为，充分发挥双方在教育、科研、社会服务和管理等方面的整体优势，在为解决“三农”问题作贡献的过程中促进大学的发展，符合双方的共同需要，符合新形势下经济社会发展和教育、科技发展的需要，必将在农业高校乃至全国高校当中产生深远的影响。