6月24日下午，学校召开中层干部会议，部署假期前的各项工作，对假期里的工作提出了一些要求。这也是此次新一轮聘任的中层干部刚刚到位后的第一次中层干部会议。会上，校党委书记管恒禄、校长郑小波分别代表校党委和校行政对学校近期工作进行了部署和要求。
管恒禄要求做好干部任（聘）用工作的后续工作，并认真进行总结回顾，为今后进一步加强和完善这项工作打下基础。他强调，各级党组织要注意加强对新提任同志的关心、培养、教育、管理。同时，要继续在组织部的指导安排下处理好各项交接工作。他要求每个单位和个人都应该把这次任（聘）用工作作为新起点、新状态、新思路、新开局，做出新贡献。管恒禄要求两办认真做好暑期领导干部会的筹备工作，并将“提高干部素质，加强班子建设，起好头，开好局，以全新的姿态跨入‘十一五’”作为这次会议的主题。
其次，对于离任审计工作，管恒禄再三强调其重要性。他指出，此次岗位变动的人数多，部分同志在任时间长，因此审计的工作量大，要抓紧时间安排好。同时，除对个人的责任审计外，他要求审计部门善于发现由于学校政策、制度建设缺陷、运行管理不到位等原因造成的问题，以便于在将来的工作中进一步加强和完善。
管书记还针对先进性教育的准备工作提出了具体要求。他希望先进性教育领导小组、办公室做好各项方案的设计，将挂牌办公后的工作地点、联系方式等及时公布；各单位要按党员先进性教育准备工作会的要求将先进性教育领导小组的工作机构建立起来，面向各级党组织及党员同志进行全面的调研分析；各单位要利用适当的时间、形式将先进性教育活动的准备工作会议精神传达到各级党的基层组织及党员同志。第三，要加强基层组织建设，发挥基层组织作用；加强党员教育管理，发挥********。这两个“加强”、两个“发挥”是长期的，艰巨的，不可动摇的。这对于教职工党员和学生党员，对于在不同的位置和不同的历史阶段入党的同志，对于在岗在位的和离岗离位的等不同层面的党员，要求是一样的。各级党组织要针对一些模糊的认识，不负责任的说法和做法，加强正面宣传和教育。
管恒禄同志强调，要继续作好学校、学院，各单位、部门的“十一五”规划的调研和制定工作，在原有的基础上抓紧推进这项工作顺利进行。管书记指出，制定规划的过程就是分析形势，明确方向，寻求措施，统一认识，凝聚人心的过程。
最后，管书记要求认真贯彻落实学校党政最近下发的有关文件精神。其中包括《南京农业大学关于贯彻落<中共中央国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见>的实施意见》党发（2005）24号 ，《南京农业大学关于进一步加强和改进思想政治理论课的实施方案》党发（2005）25号，《关于印发<南京农业大学关于进一步加强师德建设的实施意见>的通知》党发（2005）30号，《关于认真贯彻<建立健全教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系实施纲要> 进一步推进学校党风廉政建设工作的意见》党发（2005）34号。他指出，这些文件在今后比较长的时间内，都是需要认真贯彻落实的。学校的健康发展一定要有良好的软环境作保证，这些文件的操作性强，对学校的健康快速发展，培养合格的人才，建设好的教师队伍、好的干部队伍，有好的办学环境、良好的校风，都有长远作用。
对于具体工作的部署，郑小波校长要求，1、做好本科生教务工作。要抓好期末考试的考风考纪，安排好下学期的教学任务，尤其注意安排好教授上本科课程的比例，作好应届生补考工作等。2、重视本科生的学生工作。安排好毕业生文明离校，利用假期对部分学生宿舍进行调整和维修；招生工作中有关部门要针对高考填报志愿的改革，及时拿出对策，调整招生方案。3、作好基建与后勤保障工作。不仅要做好部分学生宿舍的维修、锅炉改造、部分校园设施的调整，而且要安排好暑期留校学生的生活。4、认真做好研究生论文答辩和学位授予工作。5、安排好人事工作的几项任务。完成科级及科级以下管理岗位和教学、科研辅助岗位等人员的聘任工作，并于放假前完成校内岗位津贴的聘期考核。6、做好校园安全保卫工作，对安全隐患要及时整改。7、农场要做好防汛工作。保障生产、生活的安全，包括教学科研基地的安全。8、进一步加紧“十一五”规划的制定。各学院和各单位尽量明确目标，更易于明确目标，团结全体同志共同努力。郑小波强调，学校的主要职责之一是培养好学生，学校各项工作不仅需要有关职能部门的努力，还需要各学院、各部门的积极配合。