前沿 | 张绍铃院士与普渡大学Yun Zhou教授团队联合开发植物干细胞信息学分析平台

2024-01-17 来源:园艺学院 作者:吴潇 图片:

1月12日,南京农业大学张绍铃院士与普渡大学Yun Zhou教授课题组在Plant Communications发表题为Plant Stem Cell Informatics Database(PSCIdb): a comprehensive computational platform for identifying and analyzing genes related to plant stem cells的论文,构建了植物干细胞信息学分析平台PSCIdb(http://www.plantstemcelldb.org.cn),为跨物种干细胞基因比较、功能和进化研究提供重要宝贵的资源。

陆地植物分生组织中的干细胞具有保守的功能,保持未分化,同时不断分裂和扩增,最终分化为各种新器官的子细胞。因此,干细胞活性对于维持植物生长发育、决定产量以及不同组织器官的形成和植物结构的多样性至关重要。目前,在模式物种拟南芥中已经详细阐述了关键的干细胞调节因子及其相互作用的信号通路。然而,对不同植物分类群的干细胞调节因子缺乏全面的了解,陆地植物中干细胞基因和基因家族的进化动力学也不清楚。因此,开发植物干细胞生物信息学平台用于查询、识别和定量表征陆地植物中跨物种的干细胞相关基因信息具有重要意义。

该研究利用自主研发的Plant-Stem-Cell-Informatics软件,在808个植物物种中鉴定干细胞通路相关的2,790,327个候选基因。同时提供了这些物种中与干细胞相关的重复基因对和227个物种基因表达谱等信息。最后,作者整合这些信息开发成数据库。整个数据库提供了首页、物种查阅、进化树、参考基因、数据统计分析、组织特异性、下载和联系九个功能模块,方便读者使用。

张绍铃院士和普渡大学Yun Zhou教授为论文通讯作者。南京农业大学钟山青年研究员吴潇和博士研究生袁宇博为论文共同第一作者。南京农业大学齐开杰高级实验师、殷豪副教授、在读研究生周思源、汪泽文、李弘翔、吴婉平、雷志杰、刘思瑶参与了该研究。该工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国博士后科学基金、江苏省种业振兴计划、江苏省自然科学基金、江苏省“卓博计划”等项目资助。


审核:吴峰 赵烨烨

校对:王爽

编辑:谷雨

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