2022年4月，南京农业大学英文学术期刊《园艺研究》（Horticulture Research）和《植物表型组学》（Plant Phenomics）被中国科学引文数据库（简称CSCD）正式收录。在此之前，《园艺研究》已被SCIE、Scopus、PubMed Central和DOAJ等数据库收录，《植物表型组学》已被SCIE、EI、PMC、Scopus和DOAJ等数据库收录。

CSCD 是我国第一个引文数据库，收录我国出版的中、英文核心期刊1200 余种，覆盖自然科学、工程技术、医学等学科领域，在发现我国重要科学研究成果、追踪科学研究过程中发挥了重要的信息导航作用。CSCD 与科睿唯安、爱思唯尔合作，成为我国唯一一个与Web of Science（SCI）、Scopus合作的数据库，向世界推广中国期刊。

《园艺研究（英文）》（Horticulture Research）是由南京农业大学主办的学术期刊，主要刊载园艺作物的基础和理论研究，包括遗传学、育种、组学和演化、园艺作物的起源及驯化、生物技术、生物化学、生理学和细胞与分子生物学，环境互作生物学等。科睿唯安JCR2020，位于园艺一区（第1/37名），植物科学一区（第14/235名），遗传学一区（第20/176名）。2021年中科院期刊分区：位于园艺小类一区，植物科学小类一区，遗传学小类一区，农林科学大类一区（Top期刊）。入选中国科技期刊卓越行动计划领军类期刊。

《植物表型组学》（Plant Phenomics）是由南京农业大学与美国科学促进会合作创办的学术期刊，期刊于2019年1月正式上线发行。期刊采用开放获取形式，刊载植物表型组领域具有突破性科研进展的原创性研究论文、综述、软件/数据库、方法指南和观点等。期刊主编由东京大学Seishi Ninomiya教授、法国国家农业科学院Frédéric Baret研究员和南京农业大学程宗明教授共同担任。2020年入选中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目，2021年获得国内统一连续出版物号CN32-1898/Q。2021年8月正式被科睿唯安SCIE (Science Citation Index Expanded) 数据库收录，同时进入遥感、植物科学和农学三个分区。