2020年12月，中国高校科技期刊研究会第24次年会在重庆召开，会上发布了“2020年度中国高校杰出·百佳·优秀科技期刊”的评选结果，《南京农业大学学报》被评为“2020年度中国高校百佳科技期刊”，已连续3届荣获该奖项。学报还被评为“2020年度中国农业期刊最具传播力期刊”，编辑部被评为“2020年度中国农业期刊优秀团队”。

另据《2020年中国学术期刊影响因子年报》统计结果，学报影响力指数和影响因子在102种农业综合期刊中均排第13名，位于Q1区；《2020年世界期刊影响力指数（WJCI）报告》显示，学报在入选的全球134种综合性农业科学期刊中排第43名，位于Q2区，一共有19种中国期刊入选。学报已被爱思唯尔的Scopus数据库收录，目前Scopus仅收录600多种中文期刊。