经省科协、省科技厅、省教育厅三单位联合评定，我校国家肉品质量安全控制工程技术研究中心、作物遗传与种质创新国家重点实验室、教育部园艺作物种质创新与利用工程研究中心获评“江苏省科普教育基地”称号。

目前我校共有10个省级科普教育基地，其中，南京农业大学湖熟花卉基地被评为2018年省级优秀科普基地；中华农业文明博物馆（简称为农博馆）被评为2019年江苏省优秀科普基地。农博馆、生物标本馆、昆虫标本馆等拥有丰富的科普资源。农博馆是中国第一个系统收藏、研究和展示我国农业历史文化的专题博物馆，主要藏品有古代农业生产工具1000余件、原版古农书346部3000余册等，其中，馆藏《齐民要术》为我国现存最早最完整的农书，位居中国五大农书之首。生物标本馆有大熊猫、东北虎、中华鲟、扬子鳄等珍贵标本60多个，收藏植物标本10万多件，有种类最多、覆盖东南亚区域6万多件的杂草标本。昆虫标本馆目前积累了昆虫纲各目约100多万号标本。以上展馆均全年免费对外开放，接受校外中小学生、社区团体等预约参观。