2008年12月9日，中国科学技术信息研究所在北京召开了“中国科技论文统计结果”发布会，会上发布了中国科技论文的学科、地区和部门分布情况，不同学科领域内的机构论文产出数据，2007年中国百种杰出学术期刊名单，2008年中国精品科技期刊名单，2008年版《中国科技期刊引证报告（核心版）》等统计结果。
根据《中国科技期刊引证报告（核心版）》收录的1765种中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）的统计结果，《南京农业大学学报》影响因子为0.693（上一年是0.641），在全部1765种期刊中列第302位；总被引频次1208，在全部1765种期刊中列第292位；他引率0.95；基金论文比0.87；学科影响指标0.92。
《南京农业大学学报》再次荣获“中国百种杰出学术期刊”称号。自2002年起该奖项评选共进行了7届，《南京农业大学学报》已获得了6届。评选“中国百种杰出学术期刊”采用的5个主要期刊学术影响指标是：总被引频次、影响因子、他引率、基金论文比、学科影响指标。中国科学技术信息研究所对其收录的1765种中国科技核心期刊的上述5项评价指标加权计算，根据各期刊所得分值遴选出100种中国杰出学术期刊。《南京农业大学学报》连续6次荣获此荣誉称号，表明《南京农业大学学报》的学术影响力在全国学术期刊中前100名的学术地位。
《南京农业大学学报》还被评选为“2008年度中国精品科技期刊”。此次发布会还公布了“中国精品科技期刊”名单，这是首次进行该奖项的评选。目前我国有大约5000种科技期刊，此次评选出“中国精品科技期刊”323种，其中23种为英文期刊，300种中文期刊。遴选指标包括：（1）文献计量指标：近3年的影响因子及其年增长率、被引频次及其年增长率、报道时差及其年降低率、基金论文比、他引率等；（2）编校质量指标；以及其他一些定性和参考指标。
2008年《南京农业大学学报》荣获教育部“中国科技论文在线优秀期刊一等奖”、“第二届中国高校精品科技期刊奖”后，又获得“中国百种杰出学术期刊”、“2008年度中国精品科技期刊”。学报编辑部也荣获“2008年高校科技期刊先进集体”称号。
附：一些期刊评价指标的解释：
影响因子＝该刊前两年发表论文在统计当年被引用的总次数/该刊前两年发表论文总数（通常期刊影响因子越大，它的学术影响力和作用也越大）
他引率＝被其他期刊引用的次数/期刊被引用的总次数
总被引频次：指该期刊自创刊以来所登载的全部论文在统计当年被引用的总次数。（这是一个客观实际的评价指标，可以显示该期刊被使用和受重视的程度，以及在学术交流中的作用和地位。）
学科影响指标：指期刊所在学科内，引用该刊的期刊数占全部期刊数量的比例。
基金论文比：各类基金资助的论文占全部论文的比例。